Η Κρύα Βρύση αποτελείται από δυο οικισμούς: την Πάνω (Παλαιά) Κρύα Βρύση και την Κάτω (Νέα) Βρύση, 1 χλμ περίπου νοτιότερα, που οικοδομήθηκε στα χρόνια 1946-1948, μετά τη καταστροφή του 1944 από τους Γερμανούς, με την προοπτική να μεταφερθεί στη θέση αυτή - «Συκιάς το νερό» - όλο το χωριό, πράγμα που για διάφορους λόγους δεν έγινε.
Το πότε και από ποιους κατοικήθηκε για πρώτη φορά το χωριό δεν είναι γνωστό, αλλά πιθανολογείται ότι αυτό συνέβη στα χρόνια της Ενετοκρατίας, καθώς δεν υπάρχουν ενδείξεις από τη Βυζαντινή ή παλαιότερη εποχή.
Η πρώτη γνωστή γραπτή μαρτυρία που αναφέρεται στην Κρύα Βρύση είναι από το 1583 στην απογραφή του Καστροφύλακα, οπότε φαίνεται να έχει 65 κατοίκους. Άλλη πληροφορία του 1659 αριθμεί σε 20 τα σπίτια του χωριού. Και στις δυο αυτές μαρτυρίες αναφέρονται μαζί και οι κοντινοί οικισμοί «Γέροντες» και «Κάτω Κέρας».
Η περιοχή δεν πρέπει να κατοικήθηκε ποτέ από ξένους κατακτητές Βενετούς ή Τούρκους. Το μαρτυρεί η έλλειψη σχετικών τοπωνυμιών ή άλλων αναφορών.
Η ονομασία «Κρύα Βρύση» οφείλεται στην πηγή με το λιγοστό αλλά παγωμένο νερό, που βρίσκεται στη νότια πλευρά του χωριού, στο βάθος ρεματιάς που σχηματίζεται από το ρυάκι που κατεβαίνει από τους πρόποδες του βουνού συνεχίζοντας το φαράγγι της «Γρε Δάφνης».
Στην περιφέρεια του χωριού υπάρχουν ίχνη (ερείπια) παλαιότερων οικισμών που σήμερα έχουν εγκαταλειφθεί, τα οποία φανερώνουν την έντονη ανθρώπινη παρουσία και δραστηριότητα στην περιοχή κατά το παρελθόν. Στους οικισμούς αυτούς εκείνο που διατηρείται σήμερα – στις περισσότερες περιπτώσεις ύστερα από αναστήλωση – είναι ο ναός, μικρού μεγέθους σε κάθε περίπτωση, πράγμα που προφανώς έχει σχέση με τον αριθμό των κατοίκων της εποχής και τις δυνατότητές τους. Οι οικισμοί αυτοί είναι:
α) Το «Περαχώρι», νότια, στο ενδιάμεσο της απόστασης μεταξύ Παλαιάς και Νέας Κρύας Βρύσης.
β) Οι «Γέροντες», νότια, πεντακόσια περίπου μέτρα από τη Ν.Κρύα Βρύση.
γ) Ο «Άγιος Αντώνιος», Ν.Α, χίλια πεντακόσια περίπου μέτρα από την Π.Κρύα Βρύση.
δ) Ο «Κάτω Κέρας», Ν.Δ, δυο χιλιόμετρα περίπου από τη Ν.Κρύα Βρύση και
ε) Ο «Κλαπατάς», Ν.Α, τρία χιλιόμετρα περίπου από την Π.Κρύα Βρύση, δίπλα στο χωριό Ορνέ.
Εκτός από αυτά που προαναφέρθηκαν, ενδιάμεσα στοιχεία για την ιστορική παρουσία της Κρύας Βρύσης σε παλαιότερες εποχές δεν υπάρχουν. Πληροφορίες, γραπτές ή προφορικές σώζονται από τα χρόνια της επανάστασης του 1821 και μετά. Από εκεί και έπειτα είναι γνωστό ότι οι Κρυοβρυσανοί δίνουν συνεχώς το παρόν και με σημαντική προσφορά και θυσίες στους εθνικούς αγώνες. Πρώτη αναφορά γίνεται στον Ιωάννη Ασουμανάκη (γέρο-Ασουμανάκη), που το 1822 στη μάχη στο «Κακό Ρυάκι», δίπλα στις Μέλαμπες, είχε πρωταγωνιστικό ρόλο, σκοτώνοντας τον αρχηγό των πολυπληθών Τούρκων Χάνιαλη, συμβάλλοντας έτσι στη συντριπτική ήττα τους. Την ίδια περίοδο σημαντική δράση έχει ένας άλλος Κρυοβρυσανός, ο Μανόλης Σκούληκας, σε πολεμικά γεγονότα στις περιοχές Ρεθύμνου και Ηρακλείου. Εκλέγεται μάλιστα και στρατιωτικός εκπρόσωπος της επαρχίας Αγίου Βασιλείου.
Την περίοδο των επαναστάσεων 1866-69 και 1878 η Κρύα Βρύση έχει και πάλι συμμετοχή με το «Κρυοβρυσανό μπαϊράκι». Εκείνη την εποχή πυρπολείται από τους Τούρκους μαζί με άλλα χωριά της επαρχίας. Αργότερα, στις επόμενες περιόδους οι Κρυοβρυσανοί συμμετέχουν και στις άλλες εθνικές εξορμήσεις (Μακεδονικός αγώνας, Βαλκανικοί πόλεμοι, Μικρασιατική εκστρατεία).
Μετά τον πόλεμο του ’40 και κατά τη γερμανική κατοχή οι κάτοικοι παίρνουν μέρος στην Αντίσταση, περιθάλποντας ξένους στρατιώτες, τροφοδοτώντας αντάρτες και συμμετέχοντας στο δίκτυο διακίνησης πληροφοριών. Αποτέλεσμα αυτών είναι η ολοκληρωτική καταστροφή στις 22-8-1944 από τους Γερμανούς και η εκτέλεση 35 ατόμων. Αυτή είναι και η σημαντικότερη στιγμή μέχρι σήμερα στην ιστορία του χωριού.
Σήμερα οι κάτοικοι της Κρύας Βρύσης είναι κατά την απογραφή του 2001, αλλά πολύ λιγότεροι στην πραγματικότητα. Όσοι μένουν εδώ ασχολούνται κυρίως με την ελαιοκομία και τη κτηνοτροφία, προσπαθούν να συντηρήσουν την παράδοση και τις μνήμες που τους εμπιστεύθηκαν οι παλαιότεροι και να διατηρήσουν, όσο γίνεται, ζωντανή στις σημερινές συνθήκες την παρουσία και την προοπτική του τόπου τους.
Πηγές: Θεοδ.Πελαντάκης: Το Κέντρος και η Κρύα Βρύση, 1980
Μιχ.Εμμ.Σκούληκας: Το όρος Κέδρος, 1999
Γέροντες, Κάτω Κέρας, Κρύα Βρύση, 2001