Η ιστορία του χωριού αρχίζει από τη μινωϊκή εποχή. Στην τοποθεσία Άγιος-Ιωάννης, έχουν βρεθεί αρχαιολογικά ευρήματα, ικανά για να καθιερώσουν την άποψη ότι εκεί υπήρχε η μινωϊκή πόλη ‘’Ψυχί ‘’. Πριν από πολλά χρόνια Άγγλοι αρχαιολόγοι μετά από έρευνες, χαρακτήρισαν το σπήλαιο που υπάρχει στον Άγιο Παύλο, ως σπήλαιο του ‘’Δαίδαλου και Ίκαρου ‘’, επίσης και το σημείο πτήσης ‘’Ανηφόρα’’.
Στην μεταγενέστερη εποχή, τα Σακτούρια μαστίζονταν από επιδρομές πειρατών, με αποτέλεσμα να αλλάζουν τοποθεσίες εγκατάστασης του οικισμού.
Σήμερα υπάρχουν ερείπια σε τέσσερις τοποθεσίες, που είναι:
Άγιος Βλάσης
Κατσομάτης
Αρκολιανά
Άγιος Στέφανος
Κατά τον τούρκικο ζυγό, πλοία υπό τον καπετάνιο Σακτούρη έφερναν πολεμοφόδια και όπλα και τροφοδοτούσαν την αντίσταση κατά των Τούρκων. Στην Γερμανική κατοχή, αν και υπήρχαν γερμανικά φυλάκια στην τοποθεσία ’’Αλίκαμπος’’ κοντά στο φυσικό λιμανάκι του Αγίου Παύλου. Συμμαχικά υποβρύχια, τροφοδοτούσαν με πολεμοφόδια της περιοχής και φυγάδευαν συμμάχους. Οι κάτοικοι βοηθούσαν στην μεταφορά των πολεμοφοδίων και έκρυβαν τους συμμάχους Άγγλους και Αυστραλούς μέχρι να φύγουν με το υποβρύχιο. Επίσης βοηθούσαν την αντίσταση με ασύρματους που μετέδιδαν από την περιοχή. Για τους λόγους αυτούς οι Γερμανοί, στις 4-5-1944 κατέστρεψαν ολοσχερώς το χωριό, φυλακίζοντας όλους τους άνδρες άνω των 15 ετών και αργότερα εκτελώντας 15 από αυτούς.